臺灣光復尹始,醫療藥品之需求至為殷切,為因應社會需求,製藥工廠乃應運而生,初時,雖僅有藥廠約五家,但業者為共謀台灣製藥工業之發展,已萌組織製藥工業同業公會之念。及至1948年間,島內各型規模之藥廠已達二十四家,業者乃正式發起組織「台灣區製藥工業同業公會」,由陳作霖、林德翰、許燦煌、洪文舉、許恩賜、吳文統、蔡然捷、林隆興、李朝泉等前輩為籌備委員,負責籌劃成立事宜。同年7月4日召開成立大會,通過章程,選舉第一屆理監事,並推選吳三連先生為第一屆理事長。1948年(民國37年)9月21日「台灣區製藥工業同業公會」完成立案手續,奉內政部核頒「公字第243號立案證書」。2012年4月27日召開第27屆第1次會員代表大會決議通過更名為「臺灣」製藥工業同業公會,奉內政部核准於2012年5月21日正式啟用圖記。
本會成立之初,借用台灣化學工業製藥廠股份有限公司房舍為會所,繼而遷至該公司設於北市重慶南路之辦事處,其後又隨該公司辦事處遷至北市懷寧街,至1951年間復遷至北市成都路台灣信誼化學製藥廠股份有限公司。歷經遷徒後,乃由第4屆及第5屆理事長林世宗及吳文統先生及全體理監事共同籌措基金,於1955年購得台北市漢口街二段53巷13號二層樓建物,充為會館。由於會務日增,致原會館不敷使用,第15屆第二次代表大會乃決議,如不克原地合建則另覓新址,以擴增辦公空間。經第16屆第一次理監事會鑑於原地合建不易,決議另購新址並發動會員及相關廠商慷慨捐助,另標售北市漢口街原會館,於1980年8月丁玉鑫理事長任內,購置北市敦化南路955號3樓(後經地址重編為北市敦化南路二段267號3樓)現址。
國內製藥工業發展至今70餘年,其間之滄桑與艱苦,難以盡述。迄至2024年3月8日為止,會員廠共計213家(正式會員186家、贊助會員27家)。
回顧本會成立至今,會員藥廠配合政府政策,胼手胝足,戮力經營,復經歷屆理事長之運籌規劃,並承理事會(27名理事)與監事會(9名監事)和衷襄助及各專業委員會之通力合作,會務幸能有效傳承並順利推展。本(31)屆理監事業於2024年4月改選,由黃榮男先生當選榮任為理事長、李威著先生為監事會召集人。