臺灣光復尹始，醫療藥品之需求至為殷切，為因應社會需求，製藥工廠乃應運而生，初時，雖僅有藥廠約五家，但業者為共謀台灣製藥工業之發展，已萌組織製藥工業同業公會之念。及至1948年間，島內各型規模之藥廠已達二十四家，業者乃正式發起組織「台灣區製藥工業同業公會」，由陳作霖、林德翰、許燦煌、洪文舉、許恩賜、吳文統、蔡然捷、林隆興、李朝泉等前輩為籌備委員，負責籌劃成立事宜。同年7月4日召開成立大會，通過章程，選舉第一屆理監事，並推選吳三連先生為第一屆理事長。1948年（民國37年）9月21日「台灣區製藥工業同業公會」完成立案手續，奉內政部核頒「公字第243號立案證書」。2012年4月27日召開第27屆第1次會員代表大會決議通過更名為「臺灣」製藥工業同業公會，奉內政部核准於2012年5月21日正式啟用圖記。

本會成立之初，借用台灣化學工業製藥廠股份有限公司房舍為會所，繼而遷至該公司設於北市重慶南路之辦事處，其後又隨該公司辦事處遷至北市懷寧街，至1951年間復遷至北市成都路台灣信誼化學製藥廠股份有限公司。歷經遷徒後，乃由第4屆及第5屆理事長林世宗及吳文統先生及全體理監事共同籌措基金，於1955年購得台北市漢口街二段53巷13號二層樓建物，充為會館。由於會務日增，致原會館不敷使用，第15屆第二次代表大會乃決議，如不克原地合建則另覓新址，以擴增辦公空間。經第16屆第一次理監事會鑑於原地合建不易，決議另購新址並發動會員及相關廠商慷慨捐助，另標售北市漢口街原會館，於1980年8月丁玉鑫理事長任內，購置北市敦化南路955號3樓（後經地址重編為北市敦化南路二段267號3樓）現址。

國內製藥工業發展至今70餘年，其間之滄桑與艱苦，難以盡述。迄至2023年6月20日為止，會員廠共計214家（正式會員189家、贊助會員25家）。

回顧本會成立至今，會員藥廠配合政府政策，胼手胝足，戮力經營，復經歷屆理事長之運籌規劃，並承理事會（27名理事）與監事會（9名監事）和衷襄助及各專業委員會之通力合作，會務幸能有效傳承並順利推展。本（30）屆理監事業於2021年4月改選，由蘇東茂先生當選榮任為理事長、葉森魁先生為監事會召集人。